Bè, di solito nel modello di layout aggiungi il pezzo di codice che deve visualizzare il banner...

Se visualizzi banner di terzi avrai anche accesso all’adserver, ovvero al pannello di controllo per gestire le visualizzazioni i click eccetera, se invece i banner sono i tuoi non so cosa vuoi usare.

In PHP ci sono molti adserver opensource.

Ciao.