Ciao, butto lì una risposta perché non ho un appiglio:
per caso hai controllato tutti i permessi di tutti i file trasferiti via FTP?
Probabilmente Altervista vuole solo chmod 755 mentre qualche file o cartella avrà permessi 777 o che so.
Potrebbe anche essere che se hai trasferito i file da un cd-rom sul computer e poi dal computer all’hoster i file siano diventati "Sola lettura"...

Quindi, tanto per partire e avere qualche traccia, io indagherei su questo prima.

A presto,
Fausto