J’ai eu des problèmes aussi quand j’ai voulu récupérer un dump d’une base mysql au format myisam vers une base au format innodb en passant de mysql 4 à mysql 5. Et puis en recréant la base au format myisam sur mysql5 tout est rentré dans l’ordre... mais ne me demandez pas pourquoi... :)

J’ai transformer la table d’InnoDB en MyISAM sans aucun changement comportementale de SPIP qui puise dans la base de données les caractères codées en les décryptes. En fait, cela semble plutôt dépendre du codage général du site qui est en utf-8.

Un intéressant article connexe : http://www.spip-contrib.net/Creer-un-index-alphabetique-bis#nh1

En complément d’info, sachant que ce n’est donc pas la base de données qui détermine l’encodage mais bien les scripts PHP de Spip, la marche à suivre est la suivante : on encode tout ce qui doit sortir en utf8 grâce à utf8_encode() et, si besoin, on decode toutes les données qu’on reçoit en utf8 grâce à utf8_decode().